As Comissões Episcopais Pastorais promovem a pastoral orgânica nacional, com suas dimensões globais e setores especializados. Cada comissão responde pelo estudo, proposta e animação dos programas e projetos de seu âmbito de atribuições, em sintonia com as demais comissões, para garantia da unidade da pastoral orgânica. Existem também as comissões especiais. São eleitas pela Assembleia Geral e pelo Conselho Permanente da CNBB.