Padre Virgílio veio para Brasília e serviu como assessor à Conferência Nacional dos Bispos do Brasil (CNBB) quando esta foi transferida para a capital federal. Padre Virgílio foi assessor da CNBB de 1968 a 2000. Ele foi um dos um dos fundadores da Comissão Brasileira de Justiça e Paz da CNBB, assim como da Comissão Justiça e Paz da Arquidiocese de Brasília
Mesmo distante, o religioso acompanhava a trajetória do colégio Pio Brasileiro da CNBB, em Roma, sendo muito querido por alunos, familiares e toda comunidade educativa da instituição. "Uma relação de carinho de mais de 60 anos", como ele gostava de ressaltar. Nos últimos anos, estava à frente da paróquia de São Cristóvão, em Capim Grosso, no interior baiano

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