A diocese foi criada em março de 1999 pelo papa João Paulo II e instalada no dia 1º de maio do mesmo ano, em celebração que reuniu milhares de pessoas no Centro Esportivo Ubaldo Gonçalves, em Caraguatatuba (SP).
Celebra também este ano uma década de criação do Seminário diocesano Beato Jose de Anchieta onde conta, atualmente, com 21 jovens seminaristas. A casa fica em Taubaté (SP), facilitando os estudos de formação acadêmica em Filosofia e Teologia em tem como reitor o padre Mauro Jose Ramos. Em Caraguatatuba, possui o Propedêutico São Domingos Sávio onde estão sete jovens vocacionados vivendo a experiência de vida comunitária.
O primeiro bispo da cidade foi dom Fernando Mason, transferido em 2005 para a diocese de Piracicaba (SP). Em 2007, acolheu como bispo, dom Antonio Carlos Altieri.
Cresceu em sua estrutura física e pastoral, tendo atualmente 16 paróquias sendo cinco em Ubatuba (SP), sete em Caraguatatuba, três em São Sebastião (SP) e uma em Ilhabela (SP). Conta com 29 sacerdotes entre diocesanos, missionários e religiosos, dois diáconos a serem ordenados e outros oito diáconos permanentes. Tem como vigário geral o padre Alessandro Henrique Coelho e Coordenador de Pastoral, o padre Sérgio Lúcio Alho da Costa.
Sua ação pastoral reúne mais de 30 grupos organizados, tem implantado os Conselhos Econômicos e de Leigos.